不知道具体情况，很难肯定回答。比如子目录站和主站名称不一致到底指的什么名称？通常子域名和www下的站就应该不是一个站，这很正常，不会影响seo。
 
但如果是装成不同公司的网站，那可能就复杂了。为什么要装成不同公司？还要做什么其他操作？
 
如果是想做成站群，那就又不一样了。