如果你指的是CMS系统的话，没有区别，要看系统开发者的SEO水平。

现在除了需求比较特殊的网站，大部分网站开源系统就能满足需要，SEO水平也经过多年考验，比较保险。当然，如果功能、需求很特殊，找不到现成系统，那也只能自己开发，不过程序员真正理解SEO的非常少见。

不知道你说的 定制网站建站是不是真的指自己开发系统，如果只是定制个模板，那和下载个免费模板更没区别了。

理论上来说，定制的原创模板比下载的现成模板肯定要好一点，但是也得看你咋运营。